أنشئ الصندوق الخيري للتعليم بناء على قرار لمجلس الوزراء صدر عام 2003، ويقع الصندوق تحت إشراف الأمانة العامة للأوقاف، ووزارة التربية، واللجنة التنفيذية لمعالجة أوضاع المقيمين بصورة غير قانونية (الجهاز المركزي لاحقا). وقد قامت وزارة التربية بتكليف الإدارة العامة للتعليم الخاص بالإشراف على إجراءات تسجيل الطلاب بالمدارس الخاصة بالتنسيق مع الأمانة العامة للأوقاف.

وتتولى إدارة الصندوق الخيري للتعليم لجنة مختصة برئاسة وكيل وزارة التربية المساعد للتعليم الخاص وتضم في عضويتها ممثلين عن :-

• الإدارة العامة للتعليم الخاص بوزارة التربية
• الإدارة المالية في وزارة التربية
• الأمانة العامة للأوقاف
• الهيئة الخيرية الإسلامية العالمية
• بيت الزكاة
• الجهاز المركزي لمعالجة أوضاع المقيمين بصورة غير قانونية

ويتحمل الصندوق نفقات تعليم الطالب المحتاج المسجل في إحدى المدارس العربية الأهلية المرخصة من قبل وزارة التربية، وذلك طبقا للقرار الوزاري الصادر بشأن تحديد الرسوم الدراسية في المدارس العربية الأهلية بعد قيام ولي الأمر بتقديم جميع المستندات الواجب توافرها لبحث مدى الحاجة.